הרב שמחה רוט חי בארץ-ישראל מאז שנת 1969. במשך כמה שנים הוא היה הרב והמרצה הראשי של מכון ווג'ס (WUJS) בערד; לאחר מכן הוא ומשפחתו העתיקו לעיירת פיתוח אחרת, ירוחם. שם היה מעורב באופן רציני ביותר בחינוך ישראלי העל-יסודי. הרב רוט גר עכשיו בהרצליה, שם הוא מכהן כרבה של קהילת תורת חיים מאז שנת 1989.

הרב רוט גם מילא כמה וכמה תפקידים בכנסת הרבנים בישראל. הוא היה סגן-נשיא של כנסת הרבנים בישראל, הוא גם היה חבר בועד-הפועל, הוא היה יו"ר הלשכה לשירותי דת, וגם היה חבר בועד ההלכה של כנסת הרבנים בישראל. כמו כן, הוא היה העורך של הסידור המסורתי "ואני תפילתי".
הרב רוט יצר ומנהל את בית המדרש הווירוטאלי שהוא מקום מפגש ללימוד מקורות היהדות באווירה של עקרונות היהדות המסורתית-קונסרבטיבית.

הרב רוט פרש מהרבנות של קהילת תורת חיים בחודש תמוז ה'תשס"ז - יולי 2007.